Il y a plusieurs taches différentes qui peuvent être utilisées pour visualiser et photographier l' ADN après que le matériau a été séparé par électrophorèse sur gel. Parmi les nombreux choix, ces cinq souches sont le début le plus commun avec le bromure d'éthidium, qui est le plus largement utilisé. Lorsque vous travaillez avec ce processus, il est important de connaître non seulement les différences entre les souches, mais les risques pour la santé inhérents.
01 Bromure d'éthidium
Le bromure d'éthidium est probablement le colorant le plus connu utilisé pour visualiser l'ADN. Ce colorant peut être utilisé dans le mélange de gel, dans le tampon d'électrophorèse ou pour colorer le gel après son passage. Les molécules du colorant adhèrent aux brins d'ADN et fluorescent sous la lumière UV, vous montrant exactement où les bandes sont dans le gel. Malgré son avantage, l'inconvénient est que le bromure d'éthidium est un cancérogène potentiel, il doit donc être manipulé avec beaucoup de soin. En raison des risques potentiels pour la santé de travailler avec ce gel, des alternatives ont été trouvées. 02 SYBR Or
Le colorant SYBR Gold peut être utilisé pour colorer l'ADN double brin ou simple brin, ou pour colorer l'ARN. SYBR Gold a été l'une des premières alternatives au bromure d'éthidium à entrer sur le marché et il est considéré comme plus sensible que le bromure d'éthidium. Le colorant présente une fluorescence UV 1000 fois supérieure lorsqu'il est lié aux acides nucléiques. Il pénètre ensuite dans des gels d'agarose épais et riches en pourcentage et peut être utilisé dans des gels de formaldéhyde. Parce que la fluorescence de la molécule non liée est si faible, la décoloration n'est pas nécessaire. Molecular Probes a également développé et commercialisé SYBR Safe et SYBR Green (depuis le lancement de SYBR Gold), des alternatives plus sûres au bromure d'éthidium.
03 SYBR Vert
Les colorants SYBR Green I et II (commercialisés par Molecular Probes) sont optimisés pour différentes applications. Parce qu'ils se lient à l'ADN, ils sont toujours considérés comme mutagènes potentiels et à cause de cela, ils doivent être manipulés avec précaution. SYBR Green I est plus sensible à l'utilisation avec l'ADN double brin, tandis que SYBR Green II, d'autre part, est préférable pour une utilisation avec de l'ADN ou de l'ARN simple brin. Comme la coloration au bromure d'éthidium, ces taches très sensibles sont fluorescentes sous la lumière UV. 04 SYBR Safe
SYBR Safe a été conçu pour être une alternative plus sûre au bromure d'éthidium et aux autres colorants SYBR. Il n'est pas considéré comme un déchet dangereux et peut généralement être éliminé par les systèmes d'égouts ordinaires (c'est-à-dire par le drain), car les tests de toxicité indiquent qu'il n'y a pas de toxicité aiguë. Les tests indiquent également qu'il y a peu ou pas de génotoxicité sur les cellules de l'embryon de hamster syrien (SHE), les lymphocytes humains, les cellules de lymphome de souris et dans le test AMES. La coloration peut être utilisée avec un transilluminateur à lumière bleue qui provoque moins de dommages à l'ADN visualisé et offre une meilleure efficacité pour un clonage ultérieur. 05 Eva Green
Eva Green est un colorant fluorescent vert qui a été trouvé pour inhiber la PCR dans une moindre mesure que les autres colorants. Cela le rend très utile pour des applications comme la PCR quantitative en temps réel. C'est aussi un bon choix si vous utilisez des gels à bas point de fusion pour la récupération de l'ADN. Il est très stable à haute température et possède une très faible fluorescence, mais il est très fluorescent lorsqu'il est lié à l'ADN. Il a également été démontré qu'Eva Green avait une cytotoxicité ou une mutagénicité très faible ou nulle.